כדי להבין את מגבלות טיפול השורש, חשוב להכיר את מבנה השן. כל שן מורכבת משני חלקים עיקריים:

• חלק חיצוני מינרלי ואורגני: האמייל הוא שכבה חיצונית קשה ועשירה במינרלים, והדנטין שמתחתיו מכיל גם תעלות מיקרוסקופיות (תעלות דנטין) וגם מרכיבים אורגניים – תאים, קולגן ונוזלים.
  הרכב תעלות הדנטין מקנה לשן גמישות קלה ויכולת כיפוף ועמידה בעומסים.
  כאשר מבצעים טיפול שורש, תעלות הדנטין נחשפות ונוטות להתייבש, מה שמפחית את גמישות השן ומעלה את הסיכון לשבר.
• חלק פנימי חי: המוך (pulp) – רקמה רכה המכילה כלי דם, עצבים ותאי חיסון.

בעת טיפול שורש, מסירים את המוך כולו, כלומר, מוציאים את הרקמה החיה שמזינה את השן ושומרת עליה מבפנים.
פעולה זו מחלישה את השן גם מבחינה ביולוגית וגם מבחינה מבנית.
במסגרת טיפול השורש, מבוצעת גם הרחבה מכנית של תעלות השורש – שלב שמטרתו לאפשר ניקוי יסודי ואטימה יעילה, אך לעיתים קרובות דורש הסרה נרחבת של דנטין.
בנוסף, החיטוי וההרחבה המכנית של תעלות השורש מחייבים לעיתים הסרה נרחבת של דנטין, מה שמוביל להפחתה בעמידות השן בפני שבר.

בשנים האחרונות, מחקרים מדעיים נוקבים מצביעים על כך ש:

• כ־23% מהשיניים בטיפול שורש חוזר נכשלות בטווח של 4–5 שנים (Nature, 2024).
• לפי קריטריונים מחמירים (כגון שימוש ב‑CBCT), אחוז ההצלחה הראשוני יכול לרדת לאזור 41% בלבד (Saudi Dent J, 2025).
• במעקב ארוך טווח (עד 37 שנים), רק כ־68% מהשיניים נשמרות בתפקוד, כלומר כ־32% נכשלו בטווח הארוך.

הבעיה עם טיפולי השורש בטווח הקצר:

• השן נחלשת בעקבות הסרת רקמות חיות.
• יש סיכוי לרגישות או כאבים לאחר טיפול.
• נדרש לרוב כתר או שחזור נרחב לשמירה על חוזק השן.

הבעיה עם טיפולי השורש בטווח הארוך:

• שן מתה מועדת לשבר.
• שיעורי כישלון משמעותיים: מחקרים עדכניים מצביעים על כך שיותר מ־25% מהשיניים שעוברות טיפול שורש מצריכות טיפול חוזר, חידוש או עקירה תוך מספר שנים, בין אם בשל זיהום חוזר, שבר או כשל באטימה.
• קיים סיכון לזיהום חוזר או דלקת כרונית סמויה.
• לעיתים יש צורך בטיפול שורש חוזר או עקירה.